Do podziemi zeszliśmy stromymi schodami, niedaleko zakrystii, z lewej strony bazyliki (patrząc od strony placu), blisko miejsca, w którym w czasach starożytnych znajdował się obelisk wytyczający środek cyrku Nerona; następnie pokonaliśmy wąski korytarz w fundamentach bazyliki. Gdy weszliśmy na teren cmentarzyska, naszym oczom ukazała się przestrzeń przypominająca cmentarz w nocy - sklepienie, które było jednocześnie posadzką Grot Watykańskich, miało ciemny kolor. Po obydwu stronach wąskich przejść znajdowały się ściany grobowców ze starożytnymi mozaikami, malowidłami, naczyniami, sarkofagami i innymi pozostałościami po wierzących w życie pozagrobowe Rzymianach.